Mã Ân sinh năm 853, dưới triều đại của Đường Tuyên Tông. Ông là người Yên Lăng, Hứa châu[chú 2],[6] Tằng tổ phụ của ông tên là Mã Quân (馬筠), tổ phụ của ông tên là Mã Chính (馬正), còn cha của ông tên là Mã Nguyên Phong (馬元豐).[7] Gia đình ông xưng là hậu duệ của đại tướng Mã Viện nhà Hán.[4] Mã Ân là một thợ mộc khi còn trẻ tuổi.[6] Ông có ít nhất hai đệ là Mã Tung (馬賨) và Mã Tồn (馬存).[8]

Khi quân Trung Vũ[chú 3] đóng tại Thái châu[chú 4] để đề phòng quân nổi dậy Hoàng Sào, Mã Ân đang phụng sự trong đội quân này, dưới quyền các chỉ huy Tôn Nho và Lưu Kiến Phong (劉建鋒). Đương thời, Mã Ân nổi danh về tài trí và dũng Mãnh. Sau đó, khi Phụng Quốc[chú 5] tiết độ sứ Tần Tông Quyền nổi dậy chống lại Đường Hy Tông, Tôn Nho cùng Lưu Kiến Phong và binh sĩ cấp dưới nằm dưới quyền chỉ huy của Tần Tông Quyền.[9]